SDE üç yıllık stratejik planı çerçevesinde belirlenen amaçlar, 4 ana programa ayrılmakta olup, her program bir koordinatör yönetiminde en az bir uzman ve bir asistandan oluşmaktadır. Ayrıca Çalışma Konseyleri ve Araştırma Merkezleri SDE’nin özgün faaliyet çeşitleridir.
A. Stratejik Program Koordinatörlükleri:
1. İç Politika ve Demokratikleşme Programı
2. Dış Politika ve Uluslararası İlişkiler Programı
3. Ekonomi Programı
4. Savunma ve Güvenlik Programı
B. Çalışma Konseyleri:
1. Ekonomi ve İş Konseyi (EİK)
2. Uluslararası Dostluk Konseyi (UDK)
3. Medya Konseyi (MK)
C. Araştırma Merkezleri:
1. Barış Araştırmaları Merkezi (BAM)
2. İnsan Hakları Araştırmaları Merkezi (İHAM)
3. Tarih Araştırmaları Merkezi (TAM)